Las fuentes de financiamiento con las que cuenta el programa son las siguientes:
(a) Ingresos propios por cuotas de inscripción y servicios administrativos a los estudiantes.
(b) Proyectos de los ProDES de la DES de Ciencias Químicas, Biológicas y Biomédicas en el marco del PIFI financiados por la SEP.
(c) Proyectos de investigación financiados a profesores del programa que son exbecarios Promep.
(d) Proyectos de investigación financiados por CONACYT: Fondo Sectorial en Salud y de Ciencia Básica.
(e) Apoyo al Fortalecimiento y Desarrollo de la Infraestructura Científica y Tecnológica del CONACYT.
(f) Cátedras CONACYT para Jóvenes Investigadores.
(g) Programa de Fortalecimiento Académico del Posgrado de Alta Calidad del CONACYT.
(h) Proyectos de investigación financiados por la UAGro.